报关工作的全部程序分为申报、查验、征税、放行、结关五个阶段。
（一）申报 进口货物的收货人、出口货物的发货人应当如实向海关申报，在货物进出口时，应在海关规定的期限内，按海关规定的格式填写进出口货物报关单，随附有关的货运、商业单据，同时提供批准货物进出口的证件，向海关申报。报关的主要单证有以下几种：
进口货物报关单。一般填写一式二份（有的海关要求报关单份数为三份）。报关单填报项目要准确、齐全、字迹清楚，不能用铅笔；报关单内各栏目，凡海关规定有统计代号的，以及税则号列及税率一项，由报关员用红笔填写；每份报关单限填报四项货物；如发现情况有无或其他情况需变更填报内容的，应主动、及时向海关递交更改单。 出口货物报关单。一般填写一式两份（有的海关要求三份）。填单要求与进口货物报关单基本相同。如因填报有误或需变更填报内容而未主动、及时更改的，出口报关后发生退关情况，报关单位应在三天内向海关办理更正手续。 随报关单交验的货运、商业单据。任何进出口货物通过海关，都必须在向海关递交以填好的报关单的同时，交验有关的货运和商业单据，接受海关审核诸种单证是否一致，并由海关审核后加盖印章，作为提取或发运货物的凭证。随报关单同时交验的货运和商业单据有：海运进口提货单；海运出口装货单（需报关单位盖章）；陆、空运运单；货物的发票（其份数比报关单少一份，需报关单位盖章等）；货物的装箱单（其份数与发票相等，需报关单位盖章）等。需要说明的是如海关认为必要，报关单位还应交验贸易合同、定货卡片、产地证明等。另外，按规定享受减、免税或免验的货物，应在向海关申请并已办妥手续后，随报关单交验有关证明文件。
进（出）口货物许可证。进出口货物许可证制度，是对进出口贸易进行管理的一种行政保护手段。我国与世界上大多数国家一样，也采用这一制度对进出口货物、物品实行全面管理。必须向海关交验进出口货物许可证的商品并不固定，而是由国家主管部门随时调整公布。凡按国家规定应申领进出口货物许可证的商品，报关时都必须交验由对外贸易管理部门签发的进出口货物许可证，并经海关查验合格无误后始能放行。但对外经济贸易合作部所属的进出口公司、经国务院批准经营进出口业务的个部位所属的工贸公司、个省（直辖市、自治区）所属的进出口公司，在批准的经营范围内进出口商品，视为以取得许可，免领进出口货物许可证，只凭报关单即可向海关申报；只有在经营进出口经营范围以外的商品时才需要交验许可证。
检验检疫制度：国家出入境检验检疫局与海关总署从2000年1月1日起实施新的检验检疫货物通关制度，通关模式为“先报验，后报关”。同时出入境检验检疫部门将启用新的印、证书。
新的检验检疫制度对原卫检局、动植物局、商检局进行“三检合一”，全面推 行“一次报检、一次取样，一次检验检疫，一次卫生除害处理，一次收费，一次发证放行”的工作规程和“一口对外”的国际通用的新的检验检疫模式。而从2000年1月1日起，对实施进出口检疫的货物启用“入境货物通关单”和“出境货物通关单”，并在通关单上加盖检验检疫专用章，对列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出口商品目录》范围内的进出口货物（包括转关运输货物），海关一律凭货物报关地出入境检验检疫局签发的“入境货物通关单”或“出境货物通关单”验放，取消原“商检、动植检、卫检”以放行单、证书及在报关单上加盖放行章通关的形式。
同时， 正式启用出入境检验检疫证书，原来以“三检”名义对外签发的证书自2000年4月1日 起一律停止使用。 同时，从2000年起对外签订合同、信用证时都要按新制度办事。 海关要求报关单位出具“入境货物通关单”或“出境货物通关单”，一方面是监督法定检验商品是否已经接受法定的商检机构检验；另一方面是取得进出口商品征税、免税、减税的依据。根据《中华人民共和国进出口商品检验法》以及《商检机构实施检验的进出口商品种类表》规定，凡列入《种类表》的法定检验的进出口商品，均应在报关前向商品检验机构报验。报关时，对进出口商品，海关凭商检机构签发的“入境货物通关单”和“出境货物通关单”进口货物报关单上加盖的印章验收。 除上述单证外，对国家规定的其他进出口管制货物，报关单位也必须向海关提交由国家主管部门签发的特定的进出口货物批准单证，由海关查验合格无误后再予以放行。诸如药品检验，文物出口签定，金银及其制品的管理，珍贵稀有野生动物的管理，进出***击运动、***用枪支弹药和民用***物品的管理，进出口音像制品的管理等均属此列。

（二）查验 进出口货物在通过申报环节后，即进入查验环节。
进出口货物除按照国家规定、国际惯例以及经海关总署特准的可以免验以外，均应当接受海关查验。查验是海关对进出口货物实施监管的一种具体行为。即通过对进出口货物进行实际的核查，确定单货、证货是否相符，有无瞒报、伪报和申报不实等走私违规行为，并为今后的征税、统计和后续管理提供可靠的监管依据。
1、海关查验的定义 查验是指海关依法为确定进出境货物的品名、规格、成份、原产地、货物状态、数量和价格是否与货物申报内容相符,对货物进行实际检查的行政执法行为。
2、海关查验的操作程序
1） 海关确定查验后，由现场接单关员打印《查验通知单》，必要时制作查验关封交报关员。
2） 安排查验计划。由现场海关查验受理岗位安排查验的具体时间，一般当天安排第二天的查验计划。
3） 海关查验货物时，进口货物的收货人、出口货物的发货人或其授权报关员应当到场，并负责协助搬移货物，开拆和重封货物的包装。海关认为必要时，可以径行开验、复验或者提取货样。
4） 查验结束后，由陪同人员在《查验记录单》上签名、确认。
3、海关查验的方法
1） 彻底检查，即对货物逐件开箱（包）查验，对货物品种、规格、数量、重量、原产地货物状况等逐一与货物申报单详细核对。
2） 抽查，即按一定比例对货物有选择地开箱（包）查验。对集装箱抽查，必须卸货。卸货程度和开箱（包）比例以能够确定货物的品名、规格、数量、重量等查验指令的要求为准。
3） 外形查验，对货物的包装、标记唛头等进行验核。外形查验只能适用于对大型机器、大宗原材料等不易搬运、移动，但堆放整齐比较直观的货物。
4、海关查验的时间承诺 查验部门自查验受理起，到实施查验结束、反馈查验结果最多不得超过48小时，出口货物应于查验完毕后半个工作日内予以放行。查验过程中，发现有涉嫌走私、违规等情事的，不受此时限限制。 （三）征税 征税是指海关根据国家的有关政策、法规对进出口货物征收关税及进口环节的税费（海关代征税）。
1．税则归类：税则归类就是将出口货物按照《海关进出口税则》的归类总规则归入适当的税则编号，以确定其适用的税率。