1）两岸在通航技术方面的合作。经过长期努力，海峡两岸在海上通航的许多方面达成共识，在航标系统、通信导航、船舶检验、海难救助等方面已经开始合作，为两岸海上直航奠定了基础。1995年，大陆方面拆除台湾海峡大陆一侧的灯桩对台湾方面的遮蔽，同年台湾方面管理的“东碇”与“北碇”灯桩也解除了对大陆方面的遮蔽。1996年，大陆海岸电台对台湾船舶全面开放，并为台湾商船提供通信导航。同年，两岸还建立并开通了海上搜救热线。另外，大陆方面为方便台湾民众到福建妈祖庙进香，还拨专款在湄州岛修建了客运码头。

（2）台湾航运公司在大陆设立据点或与大陆合作建立航运公司等。1998年以前，台当局不仅禁止台商投资大陆港口与航运业等，而且不允许台湾航运业及相关事业在大陆设立办事机构。1998年6月24日，台“经济部”正式核定公告实施“在大陆地区设立办事处从事商业行为审查原则”，开放船舶运送、船务代理、船舶出租、港埠、航空货运承揽、民用航空运输与电信等在祖国大陆设立办事处，并自即日起实施。不过，台湾航运界早在台湾当局正式开放之前就展开积极规划争取大陆航运市场及与大陆航运公司合作。大陆航运市场庞大，发展迅速，为台航运界看好，积极争取大陆市场的商机。

早在1992年，台湾长荣集团就开始在大陆设立据点。到2002年初，长荣先后成立上海长荣集装箱货运公司（出资600万美元，持股60%），上海宝荣国际集装公司（出资800万美元，持股65%），宁波长胜货柜公司（出资1241万美元，持股40%），青岛长荣集装箱储运公司（出资700万美元，持股40%），深圳运荣运输公司（出资170万美元，持股55%。 1999年7月，台湾长荣集团属下的巴拿马永华投资公司与祖国大陆中国外运集团属下的深圳中外运输储运有限公司共同投资成立深圳运荣运输有限公司，在深圳黄岗兴建的大型集装箱堆场正式开业），深圳和记内陆集装箱仓储公司（出资550万美元）。另外，长荣和立荣公司在上海、中山、深圳、珠海、厦门、福州、宁波、南京、广州、青岛、大连、天津、北京等设有20多个营运据点，其中北京办事处设在东方广场。2002年开始，长荣集团规划投资上海外高桥与厦门海沧港。

阳明海运公司通过香港的阳凯航运子公司在上海、青岛、天津、厦门、中山、东莞、深圳、广州、顺德、汕头、珠海、江门和澳门等13个据点设有办事处（到2001年8月）。该公司承揽的大陆货运量每年以20%的速度在增长。与中国远洋运输集团总公司有密切合作关系。

以近远洋航运为主的万海航运公司，通过新加坡子公司在深圳、广州、福州、厦门、天津及上海等12个城市设有办事处。

到2002年3月，大陆共批准台湾航商在大陆设立了32个办事处和4个合资公司。2000年经大陆批准经华北、华中、香港--新加坡、马来西亚及台湾的亚洲航线。

另外，2002年初，中国远洋运输公司也经台湾当局特批，以香港公司的名义，在台设立分支机构即中国远洋企业公司，并持股85%的股权。这是大陆第一家航运公司在台投资，也预示着两岸航运界双向合作时代的逐渐到来。

两岸间接通航

949年后，两岸之间的通航中断。70年代末以后，随着两岸贸易的恢复与发展，两岸间接通航逐渐开始。台湾海峡的两岸民间渔船往来逐渐增加。

（一）两岸经“第三地”的间接航运模式

目前，两岸经“第三地”的通航出现三种变通方式。

第一种方式是，运输大陆货物的货轮在第三地靠岸，货下船，取得证明文件后，再装船运到台湾。两岸转口贸易初期，以这种方式为主。

第二种方式是，货轮达到第三地不用靠岸，也不用卸下货物，取得证明文件后，即可直航到台湾港口。这种方式逐渐取代前者，成为两岸货物运输的主要方式。

第三种方式是，只要有办法花钱取得到第三地靠岸的证明文件，货轮不用湾靠第三地，即可直接由大陆口岸直航台湾。这是最新的发展模式，也最间接快速。但有风险。

1986年以来，两岸海上民间间接通航已经开始，主要采取挂方便旗的间接通航模式。在实际运作上，间接通航的程序日益简化，逐步形成“转单不转运”的“准直航”方式。两岸航运部门在两岸间接通航问题上也均做出了不少调整与放宽，台湾准许外籍和权宜轮以过境（湾靠）方式直接行使两岸港口。

另外，民间商船也有直接往来。1994年7月15日，福建省政府还公布《福建省台湾船舶停泊管理办法》，规定进入福建沿海的台湾船舶，应当在经批准的台湾船舶停泊点停泊。其中准予停泊理由包括避风、求医、探亲访友、洽谈投资、谒祖、旅游、修船、进行小额贸处理海事和渔事纠纷及聘请短期渔工者。

（二）两岸航运公司互租仓位与联营合作

90年代末期始，两岸航运公司合作开辟新的运输航线与合作转运。 两岸航运公司还以各种方式合作，扩大海上运输业务。

1997年1月起，上海、天津、青岛、大连、福州、厦门、盐田等主要港口与台湾基隆、台中、高雄等港口之间，开通运送两岸货物绕经第三地而不需换船的集装箱班轮航线，两岸贸易货物运输成本从而大幅降低。同年6月，祖国大陆的方便旗船可以进入台湾港口，在香港和台湾注册的船舶在进入对方港口时，可以不悬挂带有国家标志的尾旗。10月21日，台“交通部”正式开放母船经营境外航运线，并得延伸至第三地，即外国船舶转运祖国大陆输往第三地或第三地输往大陆的货物经当地航运机关核准，可直接航行“境外航运中心”与祖国大陆地区港口之间。

1997年11月初，祖国大陆中远集团、中国海运集团与台湾的长荣集团、阳明海运集团洽谈两岸航运联营事宜，合作内容包括以祖国大陆港口为起点的对外航线、全球性及区域性的国际航线及其双方舱位互租、业务联营等业务。同时，中国远洋运输集团总公司根据台湾“境外航运中心”开放母船航行办法，通过台湾的代理机构向台申请经营自蛇口经高雄、香港、日本前往美国西岸的国际干线运输。

1998年，祖国大陆海华海运公司所属的“马纳斯鲁”号货轮，与台湾立荣海运公司互租舱位，经营上海经第三地（琉球石垣岛）至台中港的货柜业务，以突破台湾当局对“三通”的限制。

1999年9月，台湾立荣海运公司与大陆中国集装箱运输公司（COSCO）合作，开辟远东—波斯湾航线，展开联营合作关系；2001年3月，又共同开辟远东—红海航线，提供货主每周一次的运务。

1998年，台湾阳明海运公司通过与日本川崎汽船、大陆中国远洋运输总公司旗下的中远集装箱运输公司进行欧美航线仓位互换的联营合作，自2000年开始，又通过海外公司与中远集团共同派船的联营合作。2001年7月，阳明海运集团整合阳明海运公司及其子公司光明海运所经营的的台港航线，由阳明海运公司接手原光明－亿通两条台港联运航线，加上阳明海运原有的其他亚洲航线，提供基隆、高雄－香港每周五日与台中－香港每周四日结关运输服务。2001年9月20日，中国远洋运输集团与台湾阳明海运公司、日本川崎汽船会社及进海会社、德国胜利航运公司五大航运公司在上海召开高层经营管理会议，决议将原两联营集团合组海运集团，将在全球的主要航线上全面合作，提供更密集配船、班航及湾靠港口等服务，以建构坚强的海运联盟关系。2002年4月15日，阳明海运公司首次正式发布新闻，宣布该公司与中远、川崎汽船及韩国进海会社进共建CKYH联盟，在美国大西洋通过购置同业仓位方式扩大营运。目前，阳明海运与中远集团的合作已从间接合作发展为直接合作，目前，除了在欧美航线互租仓位营运，在地中海航线与美国东岸航线建立有共同派船的合作关系。

（三）两岸航运公司经营经第三地的两岸定期航线

1997年7月1日，台湾当局开放100%大陆权宜轮经第三地，可原船、原集装箱往返两岸，两岸间货物不必再经由香港、日本转运，即可原船载货往返台湾和大陆港口，运输时间缩短3天。1998年初，台当局核准祖国大陆上海锦江航运公司的“通顺轮”与“通利轮”经营经第三地的两岸定期航线。3月8日，该公司第一艘定期航行两岸的祖国大陆权宜轮“通顺轮”经日本石垣岛航抵基隆港，实现了两岸母船经第三地湾靠即可原船载货往返台湾和祖国大陆港口的航行。这是台湾当局核准的第一艘大陆轮船权宜轮航行台湾港口，也是上海与基隆的首次正式通航，是两岸航运业的一个重要发展。同年6月，台湾当局的两岸航运政策有所开放，试点直航船可以将航线延伸至第三地；随船赴台的大陆船员可集体登岸观光游览。同年9月起，两岸船公司经营的外贸集装箱班轮可以同时停靠两岸港口。8月底，祖国大陆中远集团海外子公司中国远洋企业公司申请经营台湾－新西兰固定航线获得批准；9月1日，该公司首艘巴拿马“泰安城”货柜船抵达基隆港。

1997年7月16日，大陆公布首批核准的台湾权宜轮湾靠两岸三地的航线名单。其中建恒海运公司获得第一个批准。建恒海运公司申请的两岸三地航线为厦门—日本—台湾—香港。随后，大陆核准台湾长荣海运、阳明海运与南泰海运等3家公司经营包括香港在内的两岸港口延伸定期航线。1998年9月，台湾长荣海运公司接获大陆交通部的两岸三地航线通知，正式经营盐田—香港—高雄、洛杉矶、奥克兰—他科马—东京—大阪、盐田的两岸三地航线，提供每周一次的定期航线，所属“长盟轮”于10月16日首航盐田港。其中，长荣海运有5艘轮船加入包括盐田－香港、高雄在内的“亚洲－美西航线”的营运；这条航线每年可节省2亿元新台币的营运成本。同时与长荣海运取得大陆两岸三地航线的阳明海运公司，所经营的航线为高雄、基隆—釜山—洛杉矶—奥克兰—横滨—神户—釜山—上海—高雄。“祥明轮”于10月20日首航上海，成为台湾第一家经营上海对外远洋定期航线的轮船公司，每年可节省1亿5千万元新台币的转口费用。阳明海运公司6艘货柜轮船在现行韩国、台湾、香港－美西全货柜定期航线的基础上，加靠上海港，也正式参与祖国大陆、台湾、香港的航线业务。另一家取得大陆两岸三地航线许可的是南泰海运公司。

海峡两岸这种定期航线的开通，不仅为两岸对外贸易运输提供了方便，而且大大降低了运输成本，有助于提高两岸航运公司的竞争力。

2001年5月，大陆交通部批准3家大陆轮船公司（分别是福建马尾轮船公司、厦门轮船公司与福建省轮船公司）与台湾航业公司经营两岸三地间定期航线。其中马尾轮船公司率先开辟的两岸三地间接定期航线为福州、厦门—香港—高雄、台中、基隆—石垣岛—福州。

2001年6月，祖国大陆交通部批准，台湾航业公司申请经营包括上海、山东、香港在内的两岸货柜轮定期航线，并准许运送台湾与大陆之间的货物，从而该公司的航线扩大到湾靠上海、烟台、青岛、香港、高雄、基隆、石垣岛、上海，每周一次，这也是两年来唯一批准的台籍航商。

2001年12月，台湾航业公司经大陆交通部批准，开通华中、华北与台湾之间的两岸三地间接定期航线，即高雄、基隆、石垣岛—上海—烟台、青岛—香港—高雄，由两艘载700多个标准箱的多用途集装箱货轮提供每周一次的运务。该公司采取仓位外包方式，即阳明海运集团所属的联营集团承包400个标准箱仓位，立荣海运、华冈船务等承包其余约300个标准箱仓位。23日，“桃园轮”与“宜兰轮”各载重2900吨的集装箱货轮首航大陆。

（三）两岸合建运输公司。

2001年9月，台湾华冈船务公司与福建私营企业合资（分别持股40%与60%）成立荣华海运有限公司，开辟高雄、基隆—石垣岛—厦门—香港—高雄航线。2002年5月，该公司又经交通部批准，开通高雄、基隆—石垣岛—福州航线，提供每周一个航次的运务，同时兼营除福建省以外的大陆转口货物，这也是第一条福州与台湾之间的两岸三地间接定期航线。