我是一名船员，学校一毕业就和公司签了5年的劳动合同，到2012年8月份到期，现在由于一点原因，公司叫我辞职（不是我主动提出的辞职），于是我就向公司递交了辞职报告，可是当我递交了辞职报告后公司却又要我交违约金，说是培训费，就是公司为了聘用我而付给学校的钱（不是给我的，我是自费生，在校期间的学费都是自己承担的），但是我在签合同的时候公司根本就没有和我说过这件事，也就是说我对培训费这一情况根本就不知情，还有签的劳动合同写的是一式两份，甲乙各一份，可是公司根本就没有给我属于我的那一份劳动合同，因此我想在此向各位专业人士咨询一下，我是否要赔偿公司所说的违约金，我和公司签的劳动合同是否具有法律效益，如果协商不妥我申请劳动仲裁是否能胜诉，望专业人士能给我最专业的回答，我在此感激不尽！！！
我补充几点，关于他说的培训费，只是他和我学校之间产生的费用，公司解释是如果公司不给学校钱，学校就不给公司来学校招聘，不是用人单位为了对劳动者进行专业技术培训而支付的有凭证的培训费用、培训期间的差旅费用以及因培训产生的用于该劳动者的其他直接费用，况且在签合同的时候公司根本就没有和我说明这个费用，也就是说我根本不知道有这一费用。
关于我的劳动合同，从签合同的时候就一直有公司单方面保管，根本就没有把属于我的那份给我，我不知道这样的劳动合同有没有法律效益，如果公司在保管期间在合同上加上违约金这一条，那是否也算我的呢？
另外，我在船上从来都没有享受过节假日，我在家休假的时候，公司也没有给过一分钱的工资，我看过中华人民共和国船员条例上第30条规定：船员在船工作时间应当符合国务院交通主管部门规定的标准，不得疲劳值班。船员除享有国家法定节假日的假期外，还享有在船舶上每工作2个月不少于5日的年休假。船员用人单位应当在船员年休假期间，向其支付不低于该船员在船工作期间平均工资的报酬。
因此我想咨询一下，我是否要赔偿公司所说的培训费，望各位有经验的大侠们能帮帮我，我感激不尽！！！